HACCPのシステムは、もともと食品製造の現場で食中毒細菌などの微生物危害を防止するために開発されたものです。しかし、近年では農作物や畜産物などの食品原材料の生産段階から、加工、製造、流通の段階を経て、最終的に消費者に至るまでの製造の全工程における衛生管理の手法としても運用され、日本では「腸管出血性大腸菌O-157」による集団食中毒の発生をきっかけに、畜場の衛生管理にもHACCPの手法を取り入れることになりました。また、HACCPはこうした微生物だけでなく、農薬などの化学的危害や異物などの物理的危害に対しても非常に効果的であると理解されています。
　世界的に認められたHACCP方式を導入することで、食品の安全性に対する国際的な信頼は高まることから、システムの採用は徐々に拡大しつつあります。開発元の米国では、1995年から水産食品に、その翌年は畜場、食肉処理場および食肉製品製造施設に対しても導入する規制を公示しました。このほかカナダ、ニュージーランド、オーストラリアでも、農産食品や水産食品へのHACCPシステム導入が進んでいます。
　さらにEU（欧州連合）では、全ての食品製造業者にHACCPシステムを実施させることを「食品衛生規則」で規定しています。規則はEU加盟国だけでなく、第三国にも適用されるもので、EU域内に輸出する食品を製造する食品製造施設においても実施が求められています。
　日本においては、1995年の食品衛生法改正時に、HACCPシステムの考えを取り入れた「総合衛生管理製造過程」の承認制度が創設されました。現在、この制度の対象食品には、乳・乳製品、食肉製品、容器包装詰加圧加熱殺菌食品（レトルト食品や缶詰等）、水産練り製品、清涼飲料水が指定されています。